L’università è organizzata in scuole, le quali sono strutture di coordinamento tra più dipartimenti raggruppati secondo criteri di affinità disciplinare e di funzionalità organizzativa. Vi sono 22 dipartimenti (di cui uno interscuola), ripartiti in 5 scuole:
Scuola di scienze matematiche, fisiche e naturali (via Dodecaneso, 31, 33, 35 – 16146 Genova)Dipartimento di chimica e chimica industriale
Dipartimento di fisica
Dipartimento di informatica, bioingegneria, robotica e ingegneria dei sistemi (interscuola)
Dipartimento di matematica
Dipartimento di scienze della terra, dell’ambiente e della vita

Scuola di scienze mediche e farmaceutiche (via L. B. Alberti, 4 – 16132 Genova)Dipartimento di farmacia
Dipartimento di medicina interna e specialità mediche
Dipartimento di medicina sperimentale
Dipartimento di neuroscienze, riabilitazione, oftalmologia, genetica e scienze materno-infantili
Dipartimento di scienze chirurgiche e diagnostiche integrate
Dipartimento di scienze della salute

Scuola di scienze sociali (via Balbi, 5 – 16126 Genova)Dipartimento di economia
Dipartimento di giurisprudenza
Dipartimento di scienze della formazione
Dipartimento di scienze politiche

Scuola di scienze umanistiche (via Balbi, 2 e 4 – 16126 Genova)Dipartimento di antichità, filosofia e storia
Dipartimento di italianistica, romanistica, antichistica, arti e spettacolo
Dipartimento di lingue e culture moderne

Scuola politecnica (via Montallegro, 1 – 16145 Genova)Dipartimento di architettura e design
Dipartimento di informatica, bioingegneria, robotica e ingegneria dei sistemi (interscuola)
Dipartimento di ingegneria civile, chimica e ambientale
Dipartimento di ingegneria meccanica, energetica, gestionale e dei trasporti
Dipartimento di ingegneria navale, elettrica, elettronica e delle telecomunicazioni